安装与调试
卧式压力蒸汽灭菌器在安装之前，需要仔细阅读用户手册，了解设备的具体要求。通常情况下，它们需要连接到水管和电源。在确保所有安全特征完备之后，将其放置于平坦、稳固的表面上，并且注意保持足够的通风以便排放蒸汽。
预热与清洁
在进行实际使用前，首先需对卧式压力蒸汽灭菌器进行预热过程。这一阶段对于后续操作至关重要，因为它可以确保整个系统达到最佳工作状态。此外，每次使用结束后，都应彻底清洁并消毒滅菌器内部，以避免污垢积累和微生物生长。
加载物品
卧式压力蒸汽灭菌器设计用于容纳各种大小的玻璃制品，如培养皿、测试管等。用户应根据所需灭菌物品的尺寸选择合适的架子或托盘，并按照一定规则（如顺序、层次）将它们整齐地摆放在内胆中，以保证均匀加热并防止相互碰撞。
设置参数
在开始程序之前，用户需要设置适当的时间和温度参数，这取决于要处理的是哪种类型材料以及所需达到何种级别的消毒效果。一般来说，对于医疗设备或者实验室用具，其设置会更加严格。而对于日常生活中的餐具，则可能不那么苛刻。但无论如何，都必须遵循制造商提供的一般指导方针，以及任何特定行业标准。
运行程序
启动程序后，设备内部会迅速升温直至设定的温度，然后进入真正的灭菌过程。在这个过程中，一些机型可能会自动监控环境条件，比如压力的变化，而其他更基础型号则需要人工检查。务必密切关注进度，不要让程序超时或停止，以免影响最终结果。
卫星处理及冷却
完成了指定时间后的程式运行后，即可开始冷却周期。这是为了使各部件逐渐降温，使得整个系统恢复正常工作状态。此时，一些模型还会自动生成报警信号通知操作者该开始卫星处理步骤，即对已经经过高温消毒过的大量工具进行快速干燥以防止水分滴落引起事故风险。在此期间也应该继续留意是否有异常现象出现，并做好必要记录保存以供以后参考分析。
