安装与调试
卧式压力蒸汽灭菌器在安装前应确保所有的连接件和管路无损坏，所有部件都能正确对接。安装完成后，需进行一系列的调试工作。首先检查是否有任何泄漏现象，如果有则及时处理。此外，还需要校准温度计和压力表，以确保设备在使用过程中能够精确地控制蒸汽的温度和压力。
加热与冷却
卧式压力蒸汽灭菌器在开始使用之前，需要进行加热至设定的最高工作温度，这通常是121°C。在加热过程中，应密切监控设备内部的温度、压力等参数，以防出现异常情况。如果是新的或长时间未使用过的设备，还可能需要额外的一次预热来清除内壁上的老旧物质。
加载样品
将待灭菌的样品放置于已预定好的容器或架子上，并且要注意保持一定间距以保证均匀蒸发。此外，对于一些特殊要求（如玻璃制品），可能还需要采取特殊措施，比如填充水分或者使用专门设计的容器，以防止破裂。
开始程序
确定样品位置并关闭所有不必要的通风口，然后启动卧式压力蒸汽灭菌器。当系统达到设定值后，即可开始计时。在整个程序期间，不允许打扰或打开机盖，因为这会导致系统失去恒温状态，从而影响到灭菌效果。
冷却与排气
一旦程序结束，系统自动进入冷却阶段。这时候应该关掉电源，但不要立即打开机盖。等待其自然排出剩余高温蒸汽后再行开启机盖，并小心地移走已经冷却下来的容器中的样本。
清洁与维护
每次用完之后，都应该对设备进行彻底清洁。不仅要清洗干净内部各个部分，还包括外壳、手柄、按钮等易被污染的地方。此外，对于那些容易积累细微污垢的小部件，如丝网滤网和阀门，可考虑定期更换以保持最佳性能。
