物理性指标：在进行水质检测时，首先要了解的是水体的物理性质，这些指标包括温度、pH值、透明度等。温度对生物体的生存有着重要影响，通常适宜的鱼类生活区温度在18-28摄氏度之间；pH值则决定了水中酸碱性的强弱，一般河流和湖泊中的pH值介于6.5至8.5之间，而海洋则偏向于高一些；透明度反映了水中的悬浮物含量，一般来说，较好的水体透明度应该大于1米。
化学性指标：化学性指标主要是分析水中的溶解氧（DO）、氨氮、总磷（TP）和总氮（TN）等。这些建立了评价表征微生物活动水平以及营养盆地强度的基础。溶解氧为鱼类呼吸作用提供必需的一种氧气形式，其含量直接关系到 aquatic 生物群落结构和功能变化；氨氮作为一个重要的污染物，对淡水生态系统造成严重破坏，因为它会抑制光合作用并间接影响植物和动物个体健康；总磷和总氮作为农业废弃物进入自然环境时常见问题，它们可以促进藻类过分繁殖引发藻 bloom，从而导致缺氧事件发生。
生物学特征：除了上述物理与化学参数之外，生物学特征也非常关键，比如说对细菌、藻类及其他微小动植物群落数量及其类型进行监测。例如，对某些敏感或耐受极端条件的微生物进行定量分析，可以帮助评估整条河流或湖泊是否处于健康状态。此外，对底栖昆虫（Benthic macroinvertebrates, Benthos）也有很高研究价值，因为它们能够反应出环境压力的多样性，即使是在无法直接观察到的深层区域也是如此。
天然元素与人工污染物：此外，还需要考虑天然元素，如钙镁硬化指数，以及人工污染物如有机污染物(OCPs)、重金属等。这些因素对于维持良好生态平衡至关重要，并且被广泛认为是评价一种地区“清洁”程度的一个标准。OCPs可能来源于工业废料或者家庭使用产品，而重金属如果超出其自然背景水平，将对潜在消费者构成潜在风险，并可能导致长期健康问题。
综合评价体系：最后，在实际应用中，我们不能只依赖单一参数来判断一个区域是否具有良好的饮用源，因此建立了一套综合评价体系。在中国，这套体系称为《城镇供排 水设计规范》（GB/T 13406-2003），其中包含了多种不同的测试项目，如细菌计数、化学成分检查以及沉淀法试验，以确保城市供给系统不仅能提供安全可靠的地表径流，而且还能处理雨后洪峰以防止城市洪涝灾害发生。此外，由於全球变暖帶來的地球氣候變遷，也對我們如何監測與保護飲用地下水質產生影響，因為這種變化會改變地下結構，使得過去曾經安全無虞的地方現在則面臨新的威脅。
